Projekt Three Seas Partnership zakłada stworzenie formuły kooperacji instytucji z państw Trójmorza popierających współpracę krajów Europy Środkowej i Wschodniej. Działanie zakłada budowę federacji think tanków z państw krajów Trójmorza, w której działa Fundacja Warsaw Institute. Zapewnia to Polsce wpływ na kształtowanie programu działania federacji organizacji pozarządowych państw regionu Trójmorza, który jest zbieżny z interesami RP oraz państw regionu. Głównym celem projektu jest więc stworzenie sieci partnerstwa w formie federacji think tanków, co przyczyni się do wzmocnienia relacji między państwami i społeczeństwami obywatelskimi w krajach Trójmorza. Da to również szansę na rozwój i realizację konkretnych inicjatyw proponowanych przez wszystkie zaproszone do współpracy federacyjnej organizacje pozarządowe. Nadrzędnym celem projektu jest więc dojście do głosu inicjatyw obywatelskich oraz wsparcie rozwoju demokratycznych wartości społeczeństw europy środkowej, których wyraz będzie działalność i międzynarodowa współpraca organizacji pozarządowych reprezentujących państwa Trójmorza.

W skład federacji think tanków wchodzą:

Bezpośrednim narzędziem wdrożonym w celu zacieśnienia współpracy think tanków jest produkcja szerokiej gamy produktów, w skład których wchodzi publikacja artykułów naukowych, organizacja debat, seminariów oraz programów audiowizualnych. Do pracy w tym projekcie zaangażowano dziesiątki międzynarodowych ekspertów oraz publicystów.

W celu utworzenia międzynarodowej sieci powiązań pomiędzy organizacjami europejskimi, Warsaw Institute zaprosiło do współpracy 24 organizacji pozarządowych ze wszystkich państw Trójmorza. Pełnienie przez Warsaw Institute roli lidera projektu, przyczyni się do wzmocnienia promocji wartości i idei wspólnych dla państw tworzących Trójmorze. Przyczyni się to również do wzmocnienia politycznego oraz gospodarczego krajów środkowoeuropejskich (członków UE) leżących między Rosją i Niemcami.