Projekt Partnerstwa Trójmorza ma na celu stworzenie formuły współpracy instytucji z krajów Trójmorza wspierających współpracę krajów Europy Środkowo-Wschodniej. Akcja zakłada budowę federacji think tanków z krajów Trójmorza, w której działa Fundacja Warsaw Institute. Daje to Polsce wpływ na kształtowanie programu działania federacji organizacji pozarządowych w regionie Trójmorza, zgodnego z interesami RP i krajów regionu. Głównym celem projektu jest zatem stworzenie sieci partnerskiej w postaci federacji think tanków, która przyczyni się do wzmocnienia relacji między państwami i społeczeństwami obywatelskimi w krajach Trójmorza. Będzie także okazją do opracowania i wdrożenia konkretnych inicjatyw proponowanych przez wszystkie organizacje pozarządowe zaproszone do współpracy federacyjnej. Nadrzędnym celem projektu jest zatem zdobycie głosu inicjatyw obywatelskich i wspieranie rozwoju wartości demokratycznych społeczeństw środkowoeuropejskich, 

Federacja think tanków obejmuje:

 Bezpośrednim narzędziem wdrożonym w celu wzmocnienia współpracy think tanków jest produkcja szerokiej gamy produktów, która obejmuje publikację artykułów naukowych, organizację debat, seminariów oraz programów audiowizualnych.

 Do pracy nad tym projektem zaangażowanych było kilkudziesięciu międzynarodowych ekspertów i dziennikarzy. W celu stworzenia międzynarodowej sieci powiązań między organizacjami europejskimi Warsaw Institute 24 organizacje pozarządowe zaprosiły do współpracy wszystkie kraje Trójmorza. Rola lidera projektu przez Warsaw Institute przyczyni się do wzmocnienia promocji wartości i idei wspólnych dla krajów Inicjatywy Trójmorza. Przyczyni się również do politycznego i gospodarczego wzmocnienia państw Europy Środkowej (członków UE) leżących między Rosją a Niemcami.